Isaura nasceu em 1835, na fazenda do Comendador Almeida, de um romance da escrava Juliana com o feitor da fazenda, Miguel. Após o parto de Isaura, Juliana é açoitada no tronco até a morte pelo Comendador, que se vinga da escrava por sempre ter se negado a ir à cama com ele. Isaura, então, é criada e educada por Gertrudes, mulher do Comendador, que sempre quis ter uma filha. Apesar da excelente educação e de ter a pele clara, Isaura sempre será tratada como uma escrava, já que é filha de uma.
Em 1854 Isaura já tem 19 anos e é uma bela donzela. Seus problemas começam quando Leôncio, filho do Comendador, aparece em sua vida e desenvolve uma paixão doentia por ela. Porém, todas as suas tentativas são inúteis.

Gertrudes e o Comendador Almeida sempre quiseram conceder a liberdade para Isaura, mas morrem antes de conseguir realizar este objetivo. Então, Leôncio queima o documento onde concedia tal liberdade à moça e a obriga a trabalhar como escrava. Além de todo esse sofrimento, Isaura ainda é obrigada a passar por diversos tipos de constrangimentos e é constantemente assediada por Leôncio.

Entre tantos problemas, Isaura resolve fugir com seu pai para uma fazenda nos arredores de São Paulo usando o nome de Elvira. Lá ela conhece o jovem abolicionista Álvaro. Apesar de todos os cuidados para não revelar sua identidade, Isaura é descoberta e levada de volta para a fazenda onde terá que suportar não só a vingança de Leôncio, mas também de Branca, uma moça rica, prometida em casamento a Álvaro. No entanto, ele agora está apaixonado por Isaura e não deseja mais se casar.